（注：以下只列举在漫画原作中登场，并出现姓名或代号的成员；其他人物详见表格介绍）
主要成员
朗姆Rum，琴酒Gin，伏特加Vodka，贝尔摩德Vermouth，基尔Kir，即水无怜奈/本堂瑛海，CIA的卧底
基安蒂Chianti，科恩Korn
波本Bourbon，即安室透?/降谷零，日本公安警察的卧底
已脱离组织
雪莉Sherry，即宫野志保，脱离组织后化名灰原哀
黑麦威士忌Rye，即诸星大/赤井秀一，FBI的卧底
沼渊己一郎被捕，
已死亡
龙舌兰Tequila
皮斯克Pisco，即枡山宪三
卡尔瓦多斯Calvados
宫野明美化名广田雅美
宫野厚司，组织的科学家，死亡故事为口传
宫野艾莲娜，伊森·本堂CIA的卧底
楠田陆道
苏格兰威士忌Scotch，日本公安警察的卧底
首脑
那位先生（Boss，あの方）
那位先生是组织成员对黑衣组织首领的称呼，也称“Boss”。没有任何代号，其他成员的酒类代号就是他所命名，身份成谜。“宠爱的女人”是贝尔摩德。其邮箱地址的按键音旋律为《七个孩子》。据作者青山刚昌所说已登场并出现全名。
“那位先生”（后方黑影）与其下属琴酒等人
主要成员
朗姆（Rum，ラム）
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别不明，外貌有多种传闻。[7][8]在事故中某只眼睛受伤，所以装的是义眼。
琴酒（Gin，ジン）
黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色（早期为金色）长发，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。是给新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首。爱车是黑色的保时捷356A。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事稍不细密。完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
贝尔摩得（Vermouth，ベルモット，又译苦艾酒）
黑衣组织重要成员。真实身份为美国大明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。精通易容与变声。负责收集重要情报，是个“秘密主义者”。在纽约曾新一和小兰救下曾救过他，此后一直保护两人。知道柯南和灰原的真实身份，但却并没有上报组织，原因似乎也与她自身原因有关。与Boss有着特殊关系，具体不明。
雪莉（Sherry，シェリー；已脱离组织）
黑衣组织重要成员。本名宫野志保。组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。据琴酒所言是“在组织里算是少数头脑顶尖的人”。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后以停止研发以示抗议，被组织囚禁时服下APTX4869自尽，却身体恢复幼年并逃出组织。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
皮斯克（Pisco，ピスコ；死亡）
黑衣组织元老级成员。本名枡山宪三，71岁，汽车公司董事长。与Boss关系密切。与宫野夫妇交情很深，了解到一些开发中的药物情况，并见过幼年志保。在暗杀政治家吞口重彦的行动时失误，在Boss的要求下被琴酒灭口。曾一度认出灰原哀为宫野志保，并暗杀其未遂。